Plusieurs génealogistes et historiens tel que Louis Gollut auteur de l' "Histoire de la république des Séquanes et des princes de Franche-Comté de Bourgogne" (publiée en 1592), font descendre la Maison de Poligny du Comte Girart, fondateur du chateau de Grimont à Poligny.
Girart, dit "de Roussillon" (819 - 877), Prince Bourguignon et quelques temps Comte de Paris, fonde aussi l'abbaye de Vézelay en 858 dans le diocèse d'Autun et y réunit des reliques de nombreux saints dont celles de Saint Pierre et de Saint Paul.
"La chanson de Girart de Roussillon" (vers 1150) qui est l'une des chansons de geste les plus anciennes connues, relate son conflit avec le roi Charles le Chauve.
La Maison de Poligny est aussi, par ses multiples alliances avec la Maison de Salins, descendante des Comtes de Bourgogne et des Capétiens par Robert Ier de Dreux, fils de Louis VI dit "Le Gros".
Elle offre plusieurs Connétables et Baillis au Comté de Bourgogne, assure quelques siècles la capitainerie du château de Poligny, la prévôté de Poligny et de Dole. Elle est à la tête du Comté de Poligny et de nombreuses seigneuries dont notamment Augéa, Evans, Toulouse, Darbonnay, Antorpe, Berthelange, Fraisans, Peintre, Parcey, Nans-sous-Sainte-Anne, Cosges, Monay, Névy-les-Dole, Ecrilles, Molprey, Chatillon, Courbouzon, Rahon, St Germain-en-Montagne, Miéry, Lizine, Palantine, Le Fied... Elle dispose encore peu avant la Révolution française de droits en la ville de Poligny (droits de boucherie par exemple).
Le domaine des Poligny s'étend au fil des siècles sur un territoire principalement ancré au centre et nord de l'actuel département du Jura et à l'ouest du Doubs.
D'une superficie un peu supérieure à celle de la principauté du Liechtenstein, le comté de Poligny connait un véritable âge d'or au 15 ème siècle.
L' extraction du sel, la culture de la vigne mais aussi le négoce favorisé par sa position stratégique entre Suisse et royaume de France, en font sa prospérité.
Plusieurs calamités ruinent par la suite le comté.
La peste de 1629 décime durant six longues années près de la moitié de la population. La guerre de 30 ans qui lui succède aussitôt provoque massacres, exactions inouïes de la part des armées et des mercenaires de Louis XIV.
La désolation submerge le comté et la forêt reprend ses droits sur la nature. Après plus d' un siècle de reconstruction la révolution françaises sonne finalement le glas du comté en 1792.
La maison de Poligny subsiste grâce notamment à l'éloignement du comte Jean Baptiste durant les heures les plus sombres de la révolution puis à son retour hors de Franche-Comté.
Girart de Roussillon
et son épouse Berthe
Conrad de Poligny
dit "Le Teutonique"
Prévot de Dole en 1198
Domaine des Poligny
Polemniacum - A Deum absit